Первое упоминание о суде датировано 1780 годом, в этом году был открыт Земский Суд, расправным судьей определен капитан Коротнев.

12 декабря 1872 года, Высочайше утверждено мнение Государственного Совета о Введении в первой половине 1873 года в пяти уездах Вологодской губернии (в том числе и Тотемском) мировых судебных установлений. Выборы Мировых Судей, которых для города и уезда назначено трое, произведены в чрезвычайном Уездном Земском Собрании 15 ноября 1873 года. Мировые судьи вступили в исполнение своих обязанностей с ноября 1873 года.

22 ноября 1917 года Советское правительство официально, в законодательном порядке упраздняет все ранее существующие общие судебные установления, как-то: окружные суды, судебные палаты и правительствующий сенат со всеми департаментами, военные, морские и коммерческие суды, принимая Декрет о суде.

Декрет о суде был опубликован 24 ноября 1917 года и вошел в историю Советского государства как Декрет № 1. Данный декрет приостановил действие института мировых судей, заменив их судами местными в лице постоянного местного судьи и двух заседателей. Заложив основы нового типа правосудия, Декрет о суде сыграл историческую роль.

В развитие и дополнение Декрета о суде № 1 ВЦИК 7 марта 1918 года издал Декрет о суде № 2, в редактировании которого принимал участие В.И. Ленин. Этим Декретом предусматривалось создание целой системы судебных органов:

-местные народные суды;

-областные народные суды;

-Верховный судебный контроль.

20 июля 1918 года СНК принял Декрет о суде № 3. На местные народные суды возлагалось рассмотрение всех уголовных дел о преступлениях и проступках.

30 ноября 1918 года ВЦИК утвердил Положение о народном суде РСФСР. На территории Вологодской губернии Положение о народном суде было введено в 1918 году на основании Постановления Вологодского Губернского отдела юстиции от 23 декабря 1918 года. Положение вводило единые народные суды и ликвидировало окружные народные суды и кассационный суд.

После принятия сессией ВЦИК 11 ноября 1922 года Положения о судоустройстве РСФСР началась реорганизация судебной системы, получившая название «Судебная реформа 1922 года». Вышеуказанным Положением вводилась единая система судов:

-народный суд (в составе одного народного судьи и двух народных заседателей);

-губернский суд;

-Верховный суд РСФСР.

Дальнейшая перестройка применительно к административному делению страны, введенному повсеместно в 1928-1930 годах, значительно укрепила советские народные суды.

В 1928 году в связи с ликвидацией губерний были упразднены губернские суды, а в 1930 году в связи с ликвидацией округов - окружные. Судебная система стала состоять из звеньев:

-народные суды;

-областные суды;

-Верховный суд.

До 1985 года Тотемский народный суд размещался в старом деревянном здании с печным отоплением.

В 1985 году построено типовое двухэтажное кирпичное здание для нарсуда и прокуратуры с просторными залами судебных заседаний, рабочими кабинетами для судей, большими холлами на первом и втором этажах. Здание спроектировано для двухсоставного суда, в котором располагалась прокуратура, нотариальная контора и адвокат. С 2004 года здание полностью принадлежит суду. В связи с расширением штата суда (суд стал пятисоставным), проведен косметический ремонт с перепланировкой помещений. Метраж здания позволил оборудовать дополнительный зал судебных заседаний, рабочие кабинеты для судей и аппарата суда; в подвале здания оборудован архив, отвечающий всем требованиям.

На основании Федерального закона от 28 февраля 2009 года № 27-ФЗ «Об упразднении некоторых районных судов Вологодской области» 3 марта 2010 года произошло упразднение Бабушкинского районного суда. Осуществление правосудия на территории Бабушкинского муниципального района передано в юрисдикцию Тотемского районного суда. Суд из пятисоставного стал семисоставным, введена должность заместителя председателя суда в судебном присутствии в селе имени Бабушкина.

Здание Тотемского районного суда в селе имени Бабушкина располагается в двухэтажном деревянном здании, в котором в 2010 году закончен капитальный ремонт. У каждого судьи имеется рабочий кабинет, зал судебных заседаний, рабочими кабинетами обеспечен аппарат суда, имеется помещение для архива.

В 2011 году для эффективного и качественного обеспечения отправления правосудия в Тотемском районном суде создан общий отдел, в который вошли секретари судебного заседания и работники канцелярии суда. Введена должность заместителя начальника общего отдела в судебном присутствии в селе имени Бабушкина.

В настоящее время в Тотемском районном суде работают пять федеральных судей, пять помощников судьи, пять секретарей судебного заседания, администратор суда, начальник общего отдела, заместитель начальника общего отдела, два главных специалиста, консультант, ведущий специалист, секретарь суда и 14 работников по обеспечению охраны и обслуживания зданий суда.